Müalicə-reabilitasiya və gözün yoluxucu xəstəlikləri cərrahiyyəsi şöbəsi Akademik Zərifə Əliyeva adına Milli Oftalmologiya Mərkəzinin sələfi olan Azərbaycan Elmi-Tədqiqat göz xəstəlikləri İnstitutunun ilk günlərindən fəaliyyət göstərmişdir. Hal-hazırda şöbənin fəaliyyəti xeyli genişlənmişdir.
Şöbənin əsas istiqaməti göz almasının ön seqmetinin, əlavə aparatının və orbitanın müxtəlif mənşəli xəstəliklərinin konsultativ müalicəsidir. Bununla yanaşı şöbədə müxtəlif növlü cərrahi əməliyyatlar-kataraktanın ekstraksiyası, antiqlaukomatoz əməliyyatlar, pteriqiumun, xalazionun eksiziyası, bioloji örtüklərin qoyulması, törəmələrin götürülməsi, dakriosistorinostomiya, o cümlədən okuloplastika sahəsində aparılan cərrahi əməliyyatlar (qapaqların korreksiyası, hərəkətli endoprotez ilə evissero-enuklefsiya) yüksək səviyyədə həyata keçirilir.