Akademik Zərifə Əliyeva adına Milli Oftalmologiya Mərkəzinin Laborator-Diaqnostik bölməsi bir neçə şöbədən ibarətdir. Bu şöbələrdə beynəlxalq tələblərə və standartlara cavab verən müxtəlif müasir müayinə növləri aparılır:
- biokimyəvi
- immunoloji
- mikrobioloji
- morfoloji və s.
Laboratoriyanın nəzdində ümumi elektron kompüter şəbəkəsinin yaradılması sayəsində xəstələrin qeydiyyatı, biomaterialların götürülməsi və daşınması, müayinələrin aparılması və cavabların hazırlanaraq pasientlərə verilməsi avtomatlaşdırılmışdır. Məlumatların elektron bazada saxlanması dissertantların elmi işlərin aparılmasını asanlaşdırır. Laboratoriyanın bütün şöbələrində müasir, təkmilləşmiş texniki avadanlıqlardan istifadə olunur. Bu avadanlıqlar laboratoriyanın təcrübəli mütəxəsisləri tərəfindən idarə edilir. Müxtəlif müayinələlrin alınan nəticələri mərkəzə müraciət edən xəstələrin diaqnostik - müalicəvi tədbirlər kompleksinin aparılmasında yüksək əhəmiyymət daşıyır.
Biokimyəvi və imminoloji müayinələrin aparılmasında hemotoloji, biokimyəvi və immunoferment analizatorlardan istifadə olunur. Mikroskopa inteqrəedilmiş müasir fotokamera vasitəsilə müayinələrin nəticələrinin fotoqeydiyyatına böyük imkan var. Mərkəzdə müxtəlif göz patologiyası ilə məşğul olan spesifik şöbələrin diaqnostik müalicəvi tələblərə müvafiq olaraq laborator müayinələr də sistemləşdirilmişdir. Burada diabetik və cərrahi əməliyyat qabağı paneli, koaquloqrammanın, revmotestlərin, lipidlərin, fermentlərin, mineralların, hormonların müayinəsi, infeksiya törədicisinin aşkar olunması, autoimmun anticisimlərin, allergik statusun, hüceyrə və humoral immunitetin göstəricilərinin təyini kimi və s. analizlər aparılır. Laboratoriyanın immunoloji bölməsində aparılan müayinələrin nəticələrinin statistik təhlili mərkəzdə müxtəlif istiqamətdə aparılan bir çox namizədlik və doktoluq dissertasiyaların fəsillərini təşkil edir və mərkəzin əməkdaşları tərəfdən elmi-praktik konfrans və konqreslərdə çıxışları zamanı, yerli və xarici mətbuatda öz əksini tapır.
Mərkəzdə təhsil alan rezidentlərə praktik təcrübədən çoxsaylı nümunələr göstərilərək oftalmoimmunologiyadan maraqlı mühazirələr oxunur.
Bundan əlavə olaraq, Mərkəzin Laborator - Diaqnostik bölməsinin nəzdində ekspress- laboratoriya xidməti də bir ilə yaxın müddətdə təşkil olunmuşdur. 24 saat ərzində fəailiyyət göstərən ekspress-laboratoriya günün müxtəlif anlarında Mərkəzə müraciyət edən xəstələrin laborator müayinələrinin təcili aparılması üçün bütün növ müasir tip avadanlıqlarla təhciz edilmişdir. Bu xidmət təcili pasientlərin diaqnostikasının və müalicəsinin gecikdirilməməsində böyük rol oynayır.
Bir ilə yaxın müddətdə Mərkəzin Masallı regional şöbəsində eyni qaydada laboratoriya bölməsi fəaliyyət göstərir. Bu şöbə Masallı və ətraf bölgələrdən olan pasientlərin laborator müayinəsini aparmaqla, belə xəstələrin cərrahi və konservativ düzgün müalicəsində böyük rol oynayır.